השיטות הפעלהשל משאבת ואקום ומדחס אוויר הוא ההבדל העיקרי בין השניים. היעילות של כל אחד מהם יכולה להיות שונה מכיוון שהם שואפים להשיג צרכים שונים.
Aמשאבת ואקום שואב אוויר מסביבה סגורה וכתוצאה מכך תהליך משאבה שהוא פריקה חיובית ללא לחץ גבוה, ואילו אמדחס אווירלהכניס אוויר מסביבה פתוחה ולדחוס את האוויר בלחץ גבוה.
גם משאבת ואקום וגם מדחס אוויר מעבירים נוזל ממקום אחד לאחר, אבל משאבת ואקום צורכת פחות חשמל.
